Médecine génomique et maladies rares

Bonjour à tous et bienvenue sur RARE à l’écoute, le premier média d’influence dédié aux maladies rares, pour un épisode consacré, comme chaque mois, à notre partenaire d’Alliance Maladies Rares. Cette collaboration entre RARE à l’écoute et l’Alliance Maladies Rares s’inscrit dans une volonté commune de sensibiliser et d’informer sur les maladies rares pour mettre en lumière les initiatives, les enjeux, les avancées qui font la différence dans la vie des 3 millions de Français qui sont concernés par une maladie rare. Aujourd’hui, nous avons le plaisir de recevoir monsieur Xavier Broutin, président de l’association Cassandra, bénévole à la Ligue nationale contre le cancer et trésorier, membre du bureau du Conseil National de l’Alliance Maladies Rares, pour évoquer un sujet important et d’avenir, l’importance de la médecine génomique dans les maladies rares. Bonjour monsieur Broutin.

Mr Broutin : Bonjour.

Tout d’abord, monsieur Broutin, est-ce que vous pouvez nous expliquer ce qu’est la médecine génomique en quelques mots ?

Mr Broutin : La médecine génomique, peut-être d’abord rappeler ce qu’est le génome. Le génome, c’est l’ensemble des informations que contient notre ADN, c’est-à-dire l’ensemble des informations codées dans les gènes dans nos cellules. La médecine génomique, c’est la médecine qui va utiliser ces informations, justement, qui se trouvent dans nos gènes, dans notre génome. Elles sont différentes pour chaque personne. Et grâce à ces informations, dans certains cas, on va pouvoir préciser un diagnostic ou adapter un traitement pour un patient. Et c’est là que vient toute l’importance de la médecine génomique, c’est qu’elle permet aujourd’hui de répondre à certaines questions auxquelles on n’avait pas de réponse auparavant. Donc, en quelque sorte, on peut dire qu’on passe d’une médecine générale, auparavant, à une médecine de précision grâce à l’étude du génome dans certains cas. Alors, en France, la médecine génomique, elle est cadrée par ce qu’on appelle le PFMG, c’est-à-dire le « Plan France Médecine Génomique ». L’objectif de ce plan, entre autres, c’est de permettre le séquençage à très haut débit dans le soin courant. On va le voir, c’est notamment vrai pour les maladies rares et les cancers. Pour cela, il y a un certain nombre d’actions qui ont été mises en place par le PFMG depuis quelques années, notamment la mise en place de plateformes de séquençage. Il y en a deux en France qui s’appellent SeqOIA et AURAGEN. SeqOIA, c’est pour la partie nord de la France, dont Paris, et les DOM TOM et AURAGEN, c’est pour la partie sud de la France. Donc, ces deux plateformes sont en charge de séquencer les échantillons qui leur sont transmis pour répondre à ces questions-là et pour lire les informations génétiques des patients. Comme je l’ai dit, ça, c’est notamment utilisé pour deux grands types de maladies. Il y a bien entendu les maladies rares, mais aussi les cancers. Et pour vous donner un chiffre, l’année dernière, en 2024, c’est un peu plus de 14 000 prescriptions qui ont été demandées à ces deux plateformes de séquençage.

Vous évoquez le séquençage, comment se passe le séquençage du génome pour un patient ?

Mr Broutin : Le séquençage d’un génome, il ne peut pas être réalisé sur une simple demande d’un médecin. Il doit s’inscrire dans un certain cadre et souvent, il va être demandé, justement, par des généticiens ou des oncologues dans le cadre de maladies rares ou de cancers. C’est ces deux préindications qui permettent de formuler une demande de génome complet pour justement aller chercher, en tout cas essayer de trouver quelle est la maladie rare derrière des symptômes pour un patient ou encore dans le cadre des cancers, on va bien sûr étudier l’ADN tumoral qui est différent de l’ADN du patient pour essayer de trouver le bon traitement pour le cancer. Concrètement, comment ça se passe ? La plupart du temps, une simple prise de sang suffit ou pour les cancers, ça va plutôt être un prélèvement d’un fragment tumoral. Cet échantillon de sang ou de tumeur, il ensuite envoyé aux deux plateformes que je citais au préalable, la plateforme SeqOIA ou la plateforme AURAGEN. Ces plateformes vont extraire de ces échantillons l’ADN du patient ou l’ADN de la tumeur. Et cet ADN va ensuite être lu par des machines de séquençage à très haut débit. Ces machines vont lire justement l’ADN et l’ensemble des gènes pour essayer de trouver des variations par rapport à un ADN qu’on peut appeler des ADN de référence. Donc, tout le monde a des variations, mais ici, on va essayer de rechercher les variations ou les mutations qui pourraient correspondre aux symptômes, par exemple, qu’on va observer chez le patient. C’est à la lecture de l’ADN, de l’ensemble des gènes à la lecture de ces variations que le médecin, souvent le généticien, va interpréter et essayer de clarifier ou de trouver en tout cas un diagnostic dans le cadre des maladies rares.

On entend souvent parler de de données incidentes ou de trouvailles fortuites en génétique. Est-ce que vous pouvez nous expliquer ce que ça signifie ?

Mr Broutin : Oui, c’est vrai que les données incidentes, c’est un concept qu’on entend de plus en plus parler, en tout cas chez les patients. Quand on consulte un médecin, un généticien pour une maladie, notamment une maladie rare, par exemple une déficience intellectuelle, on a une liste de symptômes et l’objectif du séquençage de l’ADN que j’évoquais précédemment, c’est de trouver les mutations, les variations qui peuvent expliquer un certain nombre de symptômes pour préciser le diagnostic, pour trouver la maladie. Bien sûr, quand on lit l’intégralité de l’ADN, on va éventuellement trouver ces variations qui correspondent aux symptômes, mais parfois, on va aussi trouver d’autres mutations qui n’ont strictement rien à voir avec la maladie qu’on essaye de trouver, qu’on essaye de préciser. Et c’est ça les données incidentes. Donc, prenons un exemple, on consulte pour une déficience intellectuelle. On va peut-être trouver un certain nombre de gènes, en tout cas de mutations, qui expliquent cela. Mais on peut aussi trouver, à la lecture complète du génome, d’autres mutations, par exemple, une mutation qui pourrait prédisposer à une autre maladie telle qu’un cancer. C’est ça les données d’incidence, c’est des données qu’on n’a pas sollicité, qu’on ne recherchait pas, mais qui, du fait de la lecture complète de l’ADN, ressortent à l’analyse. Et il faut justement savoir de ce qu’on va en faire. Depuis la dernière loi de bioéthique, le médecin, le généticien qui prescrit une analyse de génome, doit informer le patient ou dans le cadre des enfants, les parents de l’enfant, que des données non sollicitées, c’est-à-dire des données incidentes, pourraient ressortir de l’analyse. Et les patients doivent, après information, donner leur consentement pour savoir s’ils souhaitent ou non, recevoir ces données s’il y en a. Là, c’est l’objet justement du consentement qui doit être libre et éclairé. C’est un gros travail de la part du médecin pour expliquer ce que sont ces données incidentes et ce qu’elles ne sont pas. Ce qui peut ressortir d’une analyse. On peut très bien ne pas en trouver ou encore en trouver, et parfois pour des maladies graves ou des maladies qui se révèleront beaucoup plus tard chez le patient. C’est tout un travail d’information pour obtenir le consentement. Bien sûr, le patient est totalement libre de refuser la communication de ces données incidentes, mais c’est pour ça qu’il faut bien l’informer sur ce que sont ces données.

Oui, parce que j’imagine qu’il y a des enjeux éthiques importants derrière ces données incidentes. Est-ce que vous pouvez nous éclairer sur ce point éthique, monsieur Broutin ?

Mr Broutin : Tout à fait. L’enjeu éthique et psychologique est très important dans le cadre des données incidentes, parce que comme je le disais, un patient consulte pour une maladie, pour des symptômes, donc il est déjà affecté cette maladie. Il y a toute la charge psychologique liée à cette maladie, à ces symptômes. Les données incidentes, c’est quelque chose qu’on vient rajouter par-dessus, éventuellement. Il y a de vrais enjeux derrière cette question. Déjà, l’enjeu de la bonne information aux patients pour lui expliquer ce que c’est, ces données incidentes. Je rappelle qu’on parle quand même de génétique, donc c’est déjà assez compliqué comme ça à expliquer. Et par-dessus, on vient expliquer en plus que potentiellement, on peut aussi trouver autre chose. Donc, le patient devra donner ou non son consentement. Mais c’est vrai qu’on a de vrais enjeux éthiques parce qu’imaginons que c’est pour un enfant qu’on consulte. Peut-être qu’on va trouver chez cet enfant un risque, parce qu’on parle toujours de risque, ce n’est jamais 100%, on parle de risque. Et peut-être qu’on va trouver un risque de maladie, en plus de celle pour laquelle il consulte, à l’âge adulte ou en tout cas à un âge très avancé. Donc, c’est-à-dire que cet enfant, potentiellement, va vivre avec ce qui disent que toute sa vie, alors qu’à la base, il ne venait pas pour ça. C’est bien sûr la même chose pour l’adulte. Il y a des vrais enjeux éthiques derrière la révélation de ces données incidentes. Et puis, comme on parle de génétique aussi, on parle forcément de l’ensemble de la famille, parce que les gènes, éventuellement, les mutations que possède l’enfant, elles viennent de ses parents et on peut aussi peut-être les retrouver chez des frères et sœurs. Donc, derrière cette question des données incidentes, c’est l’ensemble de la famille qui peut être concernée. Donc, ce n’est pas une à prendre à la légère et c’est vraiment tout l’enjeu de l’information qui est donné par le généticien au patient pour qu’il prenne vraiment sa décision de consentir ou non en connaissance de cause. Et puis derrière ça, ça pose aussi tout un tas de questions très pratiques chez les professionnels, chez le biologiste, chez le généticien, le médecin, pour savoir comment révéler, s’il y en avait et s’il y avait consentement, comment révéler ces données incidentes. Parce que parfois, si je reprends mon exemple, si on consulte pour une déficience intellectuelle, mais qu’on trouve un risque de cancer à côté de ça, bien sûr, ce n’est pas forcément le même médecin qui est spécialiste du cancer. Ce n’est pas le médecin spécialiste de la déficience intellectuelle qui va pouvoir parler du cancer. Donc ça demande toute une organisation annexe.

Merci monsieur Broutin. Alors, pour conclure notre entretien, qu’attendent les associations de patients de la médecine génomique pour l’avenir, notamment dans la prise en charge des maladies rares ?

Mr Broutin : Alors, c’est vrai que la médecine génomique a introduit un espoir assez important chez les associations, chez les patients, parce que, comme on l’a évoqué, tout au long de l’entretien, la médecine génomique, c’est aussi un apport de connaissances supplémentaires pour diagnostiquer des maladies qui existent, mais aussi de nouvelles maladies. Quand on parle de ça dans les maladies rares, on ne peut pas ne pas parler justement de l’impasse diagnostique et de sa conséquence, l’errance diagnostique, parce que certains patients peuvent rester comme ça pendant plusieurs années sans diagnostic alors qu’ils ont des symptômes. Donc, grâce à la médecine génomique, peut-être que pour un certain nombre d’entre eux, on va pouvoir en tout cas, donner des réponses ou essayer. Donc, c’est vrai que la recherche derrière la médecine génomique, elle avance tous les jours. Je ne sais pas si on peut dire que tous les jours, on trouve de nouvelles variations, de nouvelles mutations qui peuvent expliquer des maladies, mais presque. C’est une recherche qui est en pleine ébullition, qui progresse à grands pas. Et cette recherche-là, elle se fait grâce aux chercheurs, bien sûr, mais grâce aussi aux patients qui donnent leur consentement pour que leurs données soient utilisées. Alors, c’est des données anonymes, bien sûr, mais qu’elles soient réutilisées par les équipes de recherche pour faire avancer la médecine. Au début, je parlais du PFMG, PFMG 2025, pour être précis, qui arrive à échéance cette année, qui est en cours d’évaluation. Là, on est en train de se poser la question de savoir que mettre dans un futur plan pour la médecine génomique en France. Peut-être qu’il y a de nouvelles pistes à explorer, comme le dépistage par le génome de certaines maladies. Donc, on connaît tous le dépistage à la naissance, mais peut-être que demain, on peut aussi utiliser la génomique pour faire du dépistage chez l’enfant, mais aussi chez l’adulte, à certains stades de la vie, pour aller rechercher des risques de maladies. Parce que quand on parle d’ADN, généralement, on parle de risque. Ce n’est jamais un risque à 100% quand on trouve une mutation qui pourrait expliquer une maladie. Donc, voilà, il y a plein de pistes à explorer et c’est beaucoup d’espoir pour les patients parce que chaque jour, on trouve de nouvelles réponses, même si c’est encore un combat qui est très long, mais c’est un combat qui avance vite.

Un grand merci, monsieur Broutin, de nous avoir éclairé sur les attentes des associations de patients dans la recherche en médecine génomique pour lutter contre les maladies rares. Et pour ne rien manquer de notre actualité, abonnez-vous dès maintenant à RARE à l’écoute sur votre plateforme préférée. Chaque écoute, chaque partage contribue à faire résonner la voix des maladies rares. À très vite.