Le futur du dépistage génétique

Bonjour à tous et bienvenue sur RARE à l’écoute, le podcast dédié aux maladies rares. Aujourd’hui, dans cette série qui est dédiée à l’amyotrophie spinale, nous nous nous intéressons au dépistage néonatal. Et pour en parler, nous avons le plaisir d’accueillir le professeur Laurence Faivre. Professeur Faivre, bonjour.

Pr Olivier-Faivre : Bonjour à vous.

Professeur Faivre, vous êtes professeur de génétique médicale, cheffe du service de génétique clinique du CHU de Dijon Bourgogne, où vous coordonnez le centre de référence des anomalies du développement et syndromes malformatifs. Et au niveau national, vous coordonnez la filière AnDDI-Rares et le projet PERIGENOMED CLINICS 1, qu’on va aborder aujourd’hui ensemble. On parle beaucoup aujourd’hui du dépistage néonatal des maladies génétiques. En fait, il y en a plusieurs types. Quelle est la différence entre dépistage néonatal génétique et dépistage néonatal génomique ?

Pr Olivier-Faivre :  Ah merci pour la question. Donc, le dépistage néonatal génétique, c’est quelque chose, effectivement, qui est maintenant introduit depuis l’arrivée de l’amyotrophie spinale dans le dépistage néonatal, puisqu’avant, les techniques de dépistage néonatal n’étaient pas des techniques de génétique. Il y a eu un changement des lois de bioéthique pour que cela soit possible. Et un dépistage néonatal génétique veut dire qu’on va se servir d’un test génétique pour faire des analyses. En complément, le dépistage néonatal génomique, c’est une échelle plus importante, c’est-à-dire qu’on va se servir d’une autre technique, pas une technique ciblée, mais une technique de séquençage beaucoup plus large, qui peut être jusqu’au séquençage de génomes, ce qu’on utilise dans le projet dont on va parler. Pour pouvoir finalement dépister un nombre de pathologies qui peut être beaucoup plus important, où on va pouvoir choisir parmi tous nos gènes dans le génome, quelle pathologie on va pouvoir tester, et donc permettre de tester beaucoup plus de pathologies.

Et donc, quels seraient les apports de ce dépistage génomique ?

Pr Olivier-Faivre : Justement, avec ce qu’on vient d’échanger, le dépistage néonatal génomique va permettre d’aller à une échelle beaucoup plus importante. On a de plus en plus de maladies qui sont maintenant traitables avec un progrès incroyable au niveau de la thérapeutique. Et on a cette vision, effectivement, de la nécessité d’avoir une nouvelle technique qui pourrait être anticipée dans le dépistage néonatal pour finalement se caler à l’innovation et de pouvoir ajouter au fur et à mesure toutes les pathologies qui seraient traitables. Donc, ce serait un vrai apport. Là, actuellement, on a plus de pathologies traitables que celles qui sont dépistées à la naissance. Et on pourrait comme ça, effectivement, ajouter pour arriver à des centaines de pathologies qui seraient des pathologies pédiatriques dépistables à la naissance dans un but de traitement précoce.

Et un point important, quels sont les enjeux éthiques qui sont liés à ce type de dépistage ?

Pr Olivier-Faivre : Il y a beaucoup d’enjeux éthiques qu’on essaye effectivement d’aborder dans le cadre du projet PERIGENOMED. On a déjà une vraie question de savoir quel peut être l’impact d’un diagnostic précoce à la naissance, puisque dans les pathologies qui seraient traitables, on a des pathologies, effectivement qui pourraient débuter très rapidement après la naissance, mais d’autres qui pourraient arriver plus tard pendant l’enfance, peut-être à deux ans, trois ans, quatre ans. Et on peut se poser la question de l’impact pour des parents d’avoir un diagnostic vraiment très précoce. Certains, effectivement, peuvent évoquer le fait que peut-être que certains parents pourraient préférer avoir un diagnostic plus tardif avec l’arrivée des symptômes plutôt que d’être informés à un mois de vie d’un risque de maladie potentiellement grave. Un autre point qui est également en discussion, c’est effectivement la liste de gènes, parce qu’on a des pathologies qui sont traitables, comme vous l’avez sûrement vu dans l’amyotrophie spinale, avec des progrès absolument incroyables ou dépistage ne pose pas du tout question. Mais on a aussi d’autres pathologies pour lesquelles l’apport de la thérapeutique peut être moins évident ou pas forcément efficace chez tout le monde. Donc, la liste de gènes qui serait de pathologies traitables ou celles qu’on appelle actionnables, avec un effet effectivement potentiellement moins fort. Et un vrai sujet qui pose question à travers nos groupes de travail. On a aussi la question de l’information aux parents. C’est très difficile de comprendre ce qui est dépisté avec un nombre de pathologies très importantes. Et on estime que l’information est très difficile à mener pour avoir une information, comme on dit, éclairée dans notre discipline. On a aussi la question des faux-positifs, on sait qu’avec toutes les techniques, on a un risque d’alerter des personnes pour des pathologies qui ne seront pas finalement là. Et donc, on peut être amené à revoir certaines personnes en leur proposant des contrôles qui pourront peut-être les rassurer. On sait que ce n’est pas anodin. Et puis après, il y a tout un lot de questions autour du stockage des données, etc.

Et où en est la France sur ce sujet, professeur Faivre ?

Pr Olivier-Faivre : Alors la France participe à une grande aventure internationale dans le cadre d’un consortium qui s’appelle ICoNS, qui est un consortium qui relie les projets pilotes de dépistage néonatal dans le monde. Les pays qui sont très avancés sont les États-Unis et l’Australie. L’Europe est un petit peu plus en retard, mais comble bien je dirais son retard actuellement. On a des pays très bien positionnés, comme United Kingdom en général, qui est un très grand projet d’extension de dépistage néonatal complètement financé par l’État. Et la Belgique qui a déjà fait part de ses premiers résultats. En France, on a débuté le projet pilote PERIGENOMED au 5 mai. On est là actuellement dans la dynamique des pays qui ont commencé de façon pratico-pratique. En sachant qu’en France, on participait aussi à Dijon au projet Screen4care, qui est un projet européen qui a commencé en fin 2024. Et on a inclus des patients dans ce projet avant le début de PERIGENOMED.

Alors, vous venez de l’aborder, vous coordonnez avec le professeur Thauvin le projet PERIGENOMED. Est-ce que vous pouvez présenter ce projet ambitieux aux auditeurs ?

Pr Olivier-Faivre : Oui, avec plaisir. Alors, PERIGENOMED, c’est un projet qui est étiqueté comme le projet national pilote d’extension du dépistage néonatal. Il est découpé en deux phases. La première phase qui a débuté maintenant, la phase I, qu’on appelle PERIGENOMED Clinics I, et une phase qui va être une phase de faisabilité et acceptabilité. La faisabilité est maintenant déjà démontrée avec le début du projet, au 5 mai, avec à l’heure actuelle, à peu près 400 patients déjà séquencés au CHU de Dijon, avec des résultats très rapides puisqu’on a pu répondre pour ces premiers nouveau-nés en moins de quatre semaines pour rendre des résultats, un petit peu moins d’ailleurs si c’est des résultats négatifs. Ce projet va être dans cinq CHU : Dijon, Besançon, Rennes, Nantes et Angers, avec deux centres de séquençage, un à Dijon pour les centres de l’Est et un à Nantes pour les centres de l’Ouest. Donc, 2 500 nouveaux nés devraient être terminés au deuxième trimestre 2026, avec des éléments qui vont commencer à être collectés en termes d’organisation des soins, etc. La préparation de ce projet et puis Screen4care ont fait beaucoup d’éléments pour nous permettre de soumettre la phase II du projet PERIGENOMED pour demande de financement. Cette phase II va être un préfigurateur qui va être réalisé dans la région Bourgogne Franche-Comté, dans cinq départements, pour 19 000 nouveau-nés, avec des éléments également pour étudier la performance, les aspects médico-économiques, éthiques au sens large, etc. Tout ce qui est nécessaire pour donner les éléments pour une généralisation future.

Donc, si les deux faces de ce projet, PERIGENOMED, s’avèrent concluantes, quelles sont, de votre point de vue, les perspectives pour l’avenir en termes de dépistage génomique ?

Pr Olivier-Faivre : Ce que la communauté maladie rares souhaiterait, ce serait qu’on puisse avoir dans le cadre du dépistage néonatal classique, la possibilité pour les parents qui le souhaiteraient d’avoir une extension de ce dépistage néonatal à une liste de pathologies qui serait à définir. On a les listes qui sont définies dans le cadre du projet, mais qui devraient être retravaillées avec les agences pour pouvoir effectivement dépister certaines pathologies de façon beaucoup plus précoce. Notre ambition, c’est effectivement d’avoir monté un projet qui donnerait tous les outils pour une généralisation future.

Un grand merci, professeur Faivre, pour cet éclairage sur le dépistage néonatal des maladies génétiques dans le cadre de notre série dédiée à l’amyotrophie spinale. Si vous désirez aller plus loin dans la connaissance de cette maladie, nous vous donnons rendez-vous sur notre site internet, www.rarealecoute.com, où de nombreuses informations sont à votre disposition. Nous vous remercions de votre fidélité et nous vous donnons rendez-vous sur la chaîne RARE à l’écoute pour un prochain numéro sur cette maladie rare. À très vite.