Les points clés – Définition de l’encéphalite auto-immune
Les encéphalites auto-immunes sont des maladies rares du système nerveux central qui touchent de façon prédominante les structures limbiques (hippocampe, amygdale). Cette maladie peut être déclenchée par des auto-anticorps ciblant des protéines neuronales ou gliales, perturbant ainsi les fonctions neuronales et entraînant des symptômes variés.1-3
Les encéphalites auto-immunes se développent généralement de manière subaiguë, en moins de trois mois, parfois plus progressivement. Elles se manifestent fréquemment par des symptômes liés à l’atteinte du système limbique, notamment une amnésie antérograde, des troubles du comportement et une épilepsie. Des signes extra-limbiques, tels que des mouvements anormaux (chorée, dyskinésies), un syndrome cérébelleux ou des troubles neurovégétatifs, peuvent également apparaître.2-4

Pour en savoir plus sur l’encéphalite auto-immune, retrouvez les explications du Pr Honnorat sur RARE à l’écoute, le podcast dédié aux maladies rares, en cliquant ici.
L’encéphalite auto-immune peut survenir sans cause apparente (formes idiopathiques) ou être associée à des tumeurs (formes paranéoplasiques). Les anticorps impliqués ciblent généralement des récepteurs tels que NMDA, LGI1, CASPR2 ou GABA. Dans les formes idiopathiques, les anticorps s’attaquent à des protéines membranaires, entraînant un dysfonctionnement cérébral réversible. En revanche, les formes paranéoplasiques, où les anticorps ciblent des protéines intracellulaires, provoquent une perte neuronale irréversible due à l’action des lymphocytes T cytotoxiques. Cette différence explique le pronostic moins favorable des encéphalites paranéoplasiques malgré des similitudes cliniques avec les formes idiopathiques.2-3
Les mécanismes déclencheurs de la réponse inflammatoire dans les syndromes encéphaliques commencent à être mieux élucidés. La réponse immunitaire est initiée par la destruction neuronale, souvent secondaire à une encéphalite infectieuse ou à la lyse de cellules tumorales peu différenciées. Cette lyse libère des antigènes neuronaux ou tumoraux similaires à ceux des cellules neuronales, entraînant une activation de l’immunité et la circulation d’antigènes intracellulaires ou de surface.2
L’incidence des encéphalites auto-immunes est de 5 à 10 cas pour 100 000 personnes par an5. Concernant les encéphalites à anticorps anti-NMDAr (anti-N-Méthyl-D-Aspartate récepteur), le Centre de Référence enregistre 40 à 50 nouveaux cas annuels en France, probablement sous-estimée en raison de cas non signalés ou non diagnostiqués. Cette maladie touche principalement les femmes jeunes et les adolescentes, qui représentent deux tiers des patients. Un tératome est retrouvé chez 40 % des patientes de moins de 45 ans, et chez moins de 10 % des petites filles de moins de 12 ans.6
Les encéphalites auto-immunes à anticorps anti-NMDA touchent principalement les jeunes adultes et enfants, avec une prédominance féminine. Elles se manifestent par des troubles psychiatriques, cognitifs, moteurs, et parfois des crises d’épilepsie, pouvant évoluer vers des troubles autonomes et une altération de la conscience. Leur diagnostic repose sur la détection d’anticorps anti-NMDA dans le liquide cérébro-spinal (ou liquide céphalo-rachidien) et des examens complémentaires.6-7
Le diagnostic des encéphalites auto-immunes repose sur des critères cliniques, une imagerie cérébrale (IRM), des analyses de liquide cérébro-spinal, et des tests sérologiques pour détecter les auto-anticorps spécifiques. Une biopsie cérébrale est rarement nécessaire.2-4,8
Le traitement vise à contrôler l’inflammation et à rétablir la fonction neurologique. Il inclut des immunothérapies telles que les corticostéroïdes, les immunoglobulines intraveineuses, la plasmaphérèse, ou des immunosuppresseurs. L’identification précoce de la maladie et une intervention rapide améliorent les chances de récupération complète ou partielle.2-4
La prise en charge de l’encéphalite auto-immune nécessite une approche multidisciplinaire adaptée à l’évolution de la maladie et passe par les spécialistes suivants : neurologues, médecins réanimateur, médecins urgentiste, neuropsychologues, orthophonistes, rééducateurs, gynécologues, kinésithérapeutes, diététiciens, psychologues…6
Références
- Filière Brain-Team. Syndrome neurologique paranéoplasique et encéphalite auto-immune : https://brain-team.fr/les-maladies/syndrome-neurologique-paraneoplasique-et-encephalite-autoimmune/
- Adonis Mattar et al. Les encéphalites auto-immunes. La Revue du Praticien. Publié le 21 Janvier 202272(1);85-90.
- Pierre-Antoine Pioche. Encéphalites non infectieuses (paranéoplasiques, auto-immunes). Neurologies, novembre 2022 vol. 25 numéro 252.
- Manuel MSD, version pour le grand public – Encéphalite : https://www.msdmanuals.com/fr/accueil/troubles-du-cerveau-de-la-moelle-%C3%A9pini%C3%A8re-et-des-nerfs/infections-c%C3%A9r%C3%A9brales/enc%C3%A9phalite
- Owais Alsrouji et Anza B Memon. Encéphalite auto-immune séronégative. CMAJ. 2021 Feb 22;193(8):E300–E301.
- PNDS – Encéphalites à anticorps anti-NMDAr – Décembre 2021 : https://www.has-sante.fr/upload/docs/application/pdf/2022-01/pnds_nmdar.pdf
- Orphanet – Encéphalite anti-NMDAr : https://www.orpha.net/fr/disease/detail/217253?name=Enc%C3%A9phalite%20NMDAr&mode=name
- Muñiz-Castrillo et al. Diagnostic des encéphalites auto-immunes. Pratique Neurologique – FMC. Volume 11, Issue 4, December 2020, Pages 227-237.
Les symptômes de l’encéphalite auto-immune
Les encéphalites auto-immunes présentent une symptomatologie variée, avec une apparition progressive ou subaiguë. Elles traduisent une atteinte cérébrale multifocale et peuvent inclure :1-7
- Troubles cognitifs : altération de la mémoire, notamment amnésie antérograde, et difficultés d’attention.
- Troubles psychiatriques : anxiété, psychose, hallucinations, ou changement de comportement inexpliqué.
- Crises d’épilepsie : souvent focales, pouvant évoluer vers des crises généralisées.
- Mouvements anormaux : tels que chorées, dyskinésies ou mouvements involontaires complexes.
- Symptômes moteurs : faiblesse musculaire, troubles du mouvement ou paralysie partielle.
- Troubles autonomes : dysfonctionnement du système nerveux autonome, comme des fluctuations de la tension artérielle ou de la fréquence cardiaque.
- Troubles de la conscience : état confusionnel, somnolence prolongée, ou coma dans les cas graves.
- Symptômes cérébelleux : troubles de l’équilibre, de la coordination et tremblements.

Pour en savoir plus sur l’encéphalite auto-immune, retrouvez les explications du Pr Deiva sur RARE à l’écoute, le podcast dédié aux maladies rares, en cliquant ici.
Références
- Orphanet – Encéphalite limbique auto-immune : https://www.orpha.net/fr/disease/detail/623615?search=Encephalite-limbique-auto-immune&mode=name
- Orphanet – Encéphalite anti-NMDAr : https://www.orpha.net/fr/disease/detail/217253?name=Enc%C3%A9phalite%20NMDAr&mode=name
- Adonis Mattar et al. Les encéphalites auto-immunes. La Revue du Praticien. Publié le 21 Janvier 202272(1);85-90.
- Pierre-Antoine Pioche. Encéphalites non infectieuses (paranéoplasiques, auto-immunes). Neurologies, novembre 2022 vol. 25 numéro 252.
- Manuel MSD, version pour le grand public – Encéphalite : https://www.msdmanuals.com/fr/accueil/troubles-du-cerveau-de-la-moelle-%C3%A9pini%C3%A8re-et-des-nerfs/infections-c%C3%A9r%C3%A9brales/enc%C3%A9phalite
Diagnostic de l’encéphalite auto-immune
Le diagnostic de l’encéphalite auto-immune est suspecté devant des symptômes neurologiques ou psychiatriques inexpliqués, d’apparition progressive ou subaiguë. Il repose sur :1-5
- Examen clinique détaillé, incluant une évaluation des symptômes tels que des troubles psychiatriques, des crises convulsives, ou des signes neurologiques focaux.
- Analyse du liquide cérébrospinal (LCS) ou liquide céphalo-rachidien (LCR), recherchant une augmentation des cellules immunitaires (pléiocytose) ou une production intrathécale d’auto-anticorps spécifiques comme les anti-NMDAr. A noter, une confirmation la présence de ses anticorps par le centre de référence est recommandée étant donné les risques de faux positifs et faux négatifs qui peuvent être observés dans un laboratoire non spécialisé.
- Imagerie cérébrale par IRM, permettant d’identifier des anomalies dans le système limbique ou d’autres régions cérébrales affectées.
- Électroencéphalogramme (EEG), souvent utilisé pour détecter des anomalies spécifiques telles que des ondes lentes focales ou généralisées, ou des activités épileptiques non convulsives.
- Sérologie et recherche d’auto-anticorps spécifiques, dans le sérum et le LCS, afin de confirmer l’implication de récepteurs neuronaux ou de protéines synaptiques ciblées.
- Exclusion d’autres causes potentielles, comme les infections ou les troubles métaboliques, par le biais d’analyses complémentaires.
Un diagnostic précoce, basé sur l’intégration des données cliniques, biologiques et radiologiques, est essentiel pour orienter rapidement vers une prise en charge adaptée, incluant un traitement immunomodulateur.

Pour en savoir plus sur l’encéphalite auto-immune, retrouvez les explications du Dr Bost sur RARE à l’écoute, le podcast dédié aux maladies rares, en cliquant ici.
Références :
- Orphanet – Encéphalite limbique auto-immune : https://www.orpha.net/fr/disease/detail/623615?search=Encephalite-limbique-auto-immune&mode=name
- Orphanet – Encéphalite anti-NMDAr : https://www.orpha.net/fr/disease/detail/217253?name=Enc%C3%A9phalite%20NMDAr&mode=name
- Pierre-Antoine Pioche. Encéphalites non infectieuses (paranéoplasiques, auto-immunes). Neurologies, novembre 2022 vol. 25 numéro 252.
- Manuel MSD, version pour le grand public – Encéphalite : https://www.msdmanuals.com/fr/accueil/troubles-du-cerveau-de-la-moelle-%C3%A9pini%C3%A8re-et-des-nerfs/infections-c%C3%A9r%C3%A9brales/enc%C3%A9phalite
- PNDS – Encéphalites à anticorps anti-NMDAr – Décembre 2021 : https://www.has-sante.fr/upload/docs/application/pdf/2022-01/pnds_nmdar.pdf
Les diagnostics différentiels de l’encéphalite auto-immune
Poser le diagnostic de l’encéphalite auto-immune nécessite d’écarter :1-3
- Encéphalite infectieuse : inflammations cérébrales causées par des agents infectieux (virus, bactéries, champignons) pouvant mimer les manifestations cliniques des encéphalites auto-immunes, mais différenciables par la détection de l’agent pathogène dans le liquide cérébrospinal (LCS).
- Troubles psychiatriques primaires : syndromes psychiatriques (psychose, troubles bipolaires, schizophrénie) présentant des symptômes comportementaux ou cognitifs similaires, mais sans anomalies biologiques ou d’imagerie caractéristiques.
- Épilepsies focales d’origine structurelle : crises épileptiques liées à des lésions cérébrales détectables à l’IRM, sans marqueurs immunitaires.
- Maladies neurodégénératives : affections comme la maladie d’Alzheimer ou la démence fronto-temporale, associées à une progression plus lente et à des profils neuropsychologiques spécifiques.
- Syndromes paranéoplasiques non auto-immuns : manifestations neurologiques associées à un cancer sous-jacent, mais sans présence d’auto-anticorps spécifiques.
- Encéphalopathie métabolique ou toxique : troubles cérébraux causés par des déséquilibres métaboliques (hypoglycémie, insuffisance hépatique) ou des substances toxiques, généralement réversibles après correction de la cause.
- Sclérose en plaques (SEP) : maladie inflammatoire chronique du système nerveux central, différenciable par des lésions typiques en IRM et une évolution par poussées.
Une analyse approfondie des antécédents, des examens paracliniques (IRM, EEG, LCS), et la recherche d’auto-anticorps spécifiques sont indispensables pour distinguer l’encéphalite auto-immune de ces diagnostics différentiels.
Références
- Adonis Mattar et al. Les encéphalites auto-immunes. La Revue du Praticien. Publié le 21 Janvier 202272(1);85-90.
- Pierre-Antoine Pioche. Encéphalites non infectieuses (paranéoplasiques, auto-immunes). Neurologies, novembre 2022 vol. 25 numéro 252.
- PNDS – Encéphalites à anticorps anti-NMDAr – Décembre 2021 : https://www.has-sante.fr/upload/docs/application/pdf/2022-01/pnds_nmdar.pdf
La prise en charge de l’encéphalite auto-immune
La prise en charge de l’encéphalite auto-immune nécessite une intervention rapide pour réduire l’inflammation et limiter les dommages neurologiques. Elle repose sur l’immunothérapie de première ligne, incluant des corticostéroïdes, des immunoglobulines intraveineuses ou une plasmaphérèse pour éliminer les auto-anticorps. En cas d’échec thérapeutique, des immunosuppresseurs sont utilisés. Lorsque l’encéphalite est associée à des tumeurs, une exérèse tumorale peut améliorer le pronostic. La gestion des symptômes neurologiques comprend le traitement des crises d’épilepsie avec des anticonvulsivants et des troubles psychiatriques par des psychotropes. Enfin, un suivi en neuropsychologie et kinésithérapie est essentiel pour réhabiliter les fonctions cognitives et motrices.1-3

Pour en savoir plus sur l’encéphalite auto-immune, retrouvez les explications du Dr Rafiq sur RARE à l’écoute, le podcast dédié aux maladies rares, en cliquant ici.
Références
- Pierre-Antoine Pioche. Encéphalites non infectieuses (paranéoplasiques, auto-immunes). Neurologies, novembre 2022 vol. 25 numéro 252.
- Manuel MSD, version pour le grand public – Encéphalite : https://www.msdmanuals.com/fr/accueil/troubles-du-cerveau-de-la-moelle-%C3%A9pini%C3%A8re-et-des-nerfs/infections-c%C3%A9r%C3%A9brales/enc%C3%A9phalite
- PNDS – Encéphalites à anticorps anti-NMDAr – Décembre 2021 : https://www.has-sante.fr/upload/docs/application/pdf/2022-01/pnds_nmdar.pdf
La parole aux patients atteints de l’encéphalite auto-immune
Afin d’améliorer la prise en charge et le suivi des patients atteints de l’encéphalite auto-immune, il est important de sensibiliser le grand public à cette maladie rare et les professionnels de santé au diagnostic et à la prise en charge adaptée.1
Améliorer l’information des patients et des professionnels de santé pour faciliter le diagnostic et optimiser la prise en charge des patients, sont les objectifs des Filières de Santé Maladies Rares, des Centres de Référence Maladies Rares, et des réseaux européens qui apportent leur savoir-faire et leur expertise. Pour l’encéphalite auto-immune, la filière Brain-Team, Filière des Maladies Rares du système nerveux central, est en 1ère ligne.2
Les associations de patients ont pour objectif l’accompagnement des malades dans le parcours de soins. Les objectifs de l’Association Encéphalite Anti-NMDA (ENMDAR), par exemple, sont :3
- Informer, conseiller et orienter les patients et leurs proches,
- Apporter une écoute et un soutien moral aux malades et à leur famille,
- Soutenir la recherche médicale.

Pour en savoir plus sur la l’encéphalite auto-immune, écoutez le témoignage de Mme Elices sur RARE à l’écoute, le podcast dédié aux maladies rares, en cliquant ici.
Références
- PNDS – Encéphalites à anticorps anti-NMDAr – Décembre 2021 : https://www.has-sante.fr/upload/docs/application/pdf/2022-01/pnds_nmdar.pdf
- Filière des Maladies Rares du système nerveux central – Brain-Team : https://brain-team.fr/
- Association Encéphalite Anti-NMDA (ENMDAR) : https://enmdar.org/
Les spécialistes de l’encéphalite auto-immune
Pour plus d’informations sur l’encéphalite auto-immune, vous pouvez consulter les articles, vidéos et sites web ci-dessous :
- Filière Brain-Team : https://brain-team.fr/
- Association Encéphalite Anti-NMDA (ENMDAR) : https://enmdar.org/
- PNDS – Encéphalites à anticorps anti-NMDAr – Décembre 2021 : https://www.has-sante.fr/upload/docs/application/pdf/2022-01/pnds_nmdar.pdf
- Société Française de Neurologie (SFN) : https://www.sf-neuro.org/
- Adonis Mattar et al. Les encéphalites auto-immunes. La Revue du Praticien. Publié le 21 Janvier 202272(1);85-90.
- Pierre-Antoine Pioche. Encéphalites non infectieuses (paranéoplasiques, auto-immunes). Neurologies, novembre 2022 vol. 25 numéro 252.
- Manuel MSD, version pour le grand public – Encéphalite : https://www.msdmanuals.com/fr/accueil/troubles-du-cerveau-de-la-moelle-%C3%A9pini%C3%A8re-et-des-nerfs/infections-c%C3%A9r%C3%A9brales/enc%C3%A9phalite#Traitement_v741716_fr
- Owais Alsrouji et Anza B Memon. Encéphalite auto-immune séronégative. CMAJ. 2021 Feb 22;193(8):E300–E301.
- PNDS – Encéphalites à anticorps anti-NMDAr – Décembre 2021 : https://www.has-sante.fr/upload/docs/application/pdf/2022-01/pnds_nmdar.pdf
- Orphanet – Encéphalite limbique auto-immune : https://www.orpha.net/fr/disease/detail/623615?search=Encephalite-limbique-auto-immune&mode=name
- Orphanet – Encéphalite anti-NMDAr : https://www.orpha.net/fr/disease/detail/217253?name=Enc%C3%A9phalite%20NMDAr&mode=name
- Muñiz-Castrillo et al. Diagnostic des encéphalites auto-immunes. Pratique Neurologique – FMC. Volume 11, Issue 4, December 2020, Pages 227-237.